Ключевой причиной появления медицинского образования в регионе стала острая нехватка кадров в Калининградской области в начале 2000-х годов. Среди врачей был высок удельный вес пенсионеров (около 30–35%), что создавало серьёзную нагрузку на систему здравоохранения. Параллельно у руководства области были планы по созданию в регионе высокотехнологичного медицинского центра в сфере сердечно-сосудистой хирургии — для этого как раз требовалась своя база подготовки специалистов.

Инициатива обсуждалась уже осенью 2005 года: губернатор Георгий Боос совместно с ректором университета Андреем Клемешевым представили её общественности. В 2006 году в Российском государственном университете им. И. Канта (РГУ им. И. Канта — так вуз назывался до преобразования в федеральный) началась подготовка специалистов с высшим медицинским образованием по специальности «Лечебное дело». Тогда же был создан медицинский факультет. Первым деканом стал доктор медицинских наук Сергей Владимирович Коренев.

На старте команде пришлось решать множество задач с нуля: формировать материально-техническую базу (в том числе организовывать анатомический театр), подбирать кадровый состав, выстраивать взаимодействие с клиническими базами.

В 2008 году к университету присоединили Калининградский медицинский колледж. В состав факультета вошли специальности среднего профессионального образования: «акушерское дело», «лабораторная диагностика», «лечебное дело», «сестринское дело», «стоматология», «стоматология ортопедическая» и «фармация».

В 2010 году университет получил здание бывшей медсанчасти на ул. Дмитрия Донского и начал создавать здесь современный анатомический корпус. Уже 1 сентября 2011 года он открылся — важный шаг в становлении медицинского факультета.

Параллельно развивалась клиническая подготовка: с 2008–2009 годов студенты работали на базе больниц, курировали пациентов, дежурили в стационарах и получали первые практические навыки. В учебный процесс вошла и телемедицина — онлайн-трансляции из операционных и родильных домов.

В последующие годы институт активно развивался: лицензировались новые программы ординатуры, появилась аспирантура, начали формироваться научные школы, открылся симуляционный центр. Институт стал привлекать иностранных студентов, наладил педагогические и научные контакты с зарубежными вузами. Также была открыта сеть медицинских классов в регионе.

Все эти усилия привели к главному событию — первому выпуску врачей. В июне 2012 года государственную итоговую аттестацию прошли 23 выпускника специальности «Лечебное дело». Первые выпускники медфака 2012 года в настоящее время работают не только в Калининградской области, но и в Москве, Санкт-Петербурге и других регионах РФ.

Второй выпуск 2013 года стал ещё одной вехой: выпускники начали развиваться не только в практической медицине, но и в науке. Две выпускницы — Екатерина Муц и Белла Аюбова — впоследствии защитили кандидатские диссертации и работают врачами.

К этому времени университет уже открыл программы интернатуры и ординатуры по ключевым медицинским специальностям. 19 выпускников первого набора смогли продолжить профессиональное обучение в родном университете и регионе.

Так формировалась собственная система подготовки врачей — от первых практических занятий до профессионального и научного роста.

Выделить: Высшее медицинское образование в регионе начиналось с приёма в 2006 году всего 41 студента на программу «Лечебное дело». В 2024 году на эту программу было принято 420 первокурсников из многих городов России и 16 стран мира (Индия, Пакистан, Турция, Германия, Колумбия, Эквадор, Египет и др.).